신고하고 세금도 냈는데,
신고를 안 했다고 합니다
부산 더나은세무회계 김나은 세무사입니다. 국세심사위원·부산경제진흥원 전문 컨설턴트로서 상속세·증여세·가업승계·법인컨설팅을 직접 설계합니다.
부산 사하구 신평동에 공장을 둔 작은 회사입니다. 사장님이 지분을 전부 쥐고 계셨고, 회사 재산의 대부분은 그 공장 땅과 건물이었습니다. 나이가 드시면서 회사를 넘기기로 하셨는데, 한 번에 넘기기가 부담스러워 몇 해에 걸쳐 나눠 넘기셨습니다.
첫 번째로 넘길 때 양도소득세를 신고하고 세금도 냈습니다. 그렇게 정리가 끝난 줄 아셨습니다.
그런데 몇 해가 지나고 세무서에서 고지서가 한 장 왔습니다. 신고를 하지 않으셨다는 내용이었습니다.
"무슨 소립니까. 신고했는데요. 여기 낸 영수증도 있습니다." (가상의 예시입니다.)
- 사장님 — "첫 번째 넘길 때 분명히 신고하고 세금도 냈습니다. 왜 신고를 안 했다고 합니까."
- 세무서 — "그 신고는 주식을 판 것에 대한 신고입니다. 지분 50%를 넘긴 그 거래는 부동산을 판 것으로 봅니다. 그에 대한 신고는 없습니다."
누가 맞을까요.
이 다툼은 대법원까지 갔습니다
2024년 7월, 대법원은 이 쟁점에서 세무서가 본 방향이 맞다고 했습니다. 주식을 판 것으로 낸 신고가 있더라도, 부동산을 판 것으로 보는 그 거래에 대해서는 신고가 따로 있어야 하고 그것이 없으면 신고를 하지 않은 것이라고 봤습니다.
신고를 안 한 것으로 보면 무엇이 달라질까요. 세무서가 세금을 매길 수 있는 기간이 7년으로 길어집니다. 제때 신고한 경우보다 한참 뒤에도 고지서가 올 수 있다는 뜻입니다. 몇 해가 지나 고지서가 날아온 이유가 여기 있습니다.
그런데 이 고지서, 안 받을 수 있었습니다. 세 가지만 보시면 됩니다.
왜 이런 일이 생기나
회사 주식을 넘기면 보통은 주식을 판 것으로 봅니다. 계산도 단순하고 신고도 넘길 때마다 하면 끝납니다.
하지만 회사 재산 중 땅과 건물이 50% 이상인 회사는 다릅니다. 이런 회사의 지분을 50% 이상 넘기면, 세법은 그것을 회사를 넘긴 것이 아니라 그 땅과 건물을 넘긴 것으로 봅니다. 이름만 주식일 뿐 실제로 오간 것은 부동산이라고 보는 것입니다.
공장을 가진 회사가 여기에 그대로 걸립니다. 기계와 재고를 다 합쳐도 공장 땅값이 훨씬 큰 경우가 흔하기 때문입니다.
그리고 한 번에 넘겼는지 나눠서 넘겼는지는 상관이 없습니다. 3년 안에 나눠 넘긴 것을 합쳐서 50%가 되면 그 시점에 부동산을 넘긴 것이 됩니다. 사장님이 걸린 지점이 바로 여기입니다. 나눠 넘기면 부담이 줄겠거니 하셨는데, 세법은 그것을 합쳐서 봤습니다.
| 주식을 판 것으로 볼 때 | 부동산을 판 것으로 볼 때 | |
|---|---|---|
| 회사 재산 | 땅·건물이 50% 미만 | 땅·건물이 50% 이상 |
| 넘기는 지분 | 50% 미만 | 3년 안에 합쳐 50% 이상 |
| 신고 | 넘길 때마다 | 50%를 채운 시점에 따로 |
| 빠뜨리면 | — | 신고를 안 한 것으로 봅니다 |
이 고지서를 안 받는 세 가지
하나. 나눠 넘길 생각이면 넘기기 전에 합쳐서 계산해 둡니다.
3년 안의 거래 중 어느 거래에서 50%를 채우게 되는지 미리 짚어두면, 그 시점에 무엇을 신고해야 하는지가 같이 나옵니다. 첫 거래를 하기 전에 하는 것이 가장 좋습니다.
둘. 그렇다고 모든 회사가 여기 걸리는 것은 아닙니다.
회사 재산에서 땅과 건물이 50%에 못 미치면 해당되지 않습니다. 넘기는 지분이 50%에 못 미쳐도 마찬가지입니다. 먼저 볼 것은 회사의 재산 구성이고, 그다음이 넘기는 지분의 크기입니다.
셋. 이미 넘기셨다면 신고가 빠진 시점이 있는지부터 봅니다.
지난 거래를 순서대로 늘어놓고 어느 시점에 50%를 채웠는지, 그때 신고가 있었는지를 확인합니다. 빠진 것이 있으면 고지서를 기다리는 것보다 먼저 정리하는 편이 낫습니다.
앞으로는 조금 달라집니다
2026년 8월 3일 정부가 세제개편안을 내놓았습니다. 물려받을 사람이 없는 회사를 남에게 넘기면 세금을 깎아주는 제도가 새로 들어갔습니다. 한도와 기간이 정해져 있습니다. 아직 국회를 지나지 않은 안이라 이것을 전제로 계약하시면 안 됩니다.
다만 깎아주는 것과 신고하는 것은 다른 이야기입니다. 감면이 생겨도 무엇을 넘긴 것으로 보는지, 언제 신고해야 하는지는 그대로 남습니다.
- 땅·건물이 50% 이상인 회사, 지분 50% 이상 넘기면 부동산 양도
- 3년 안에 나눠 넘겨도 합쳐서 본다
- 신고가 빠지면 세금을 매길 수 있는 기간이 7년
핵심 정리
- 무엇이 핵심인가 — 재산 대부분이 땅과 건물인 회사의 지분을 50% 이상 넘기면 부동산을 넘긴 것으로 보고, 그에 대한 신고가 따로 필요합니다.
- 누가 대상인가 — 공장이나 상가를 가진 법인의 지분을 넘기려는 분. 특히 나눠 넘기려는 경우.
- 어떻게 대응하나 — 첫 거래 전에 3년 치를 합쳐서 계산하고, 어느 시점에 무엇을 신고할지 미리 정해 둡니다.
- 김나은 세무사의 판단 — 이 사안의 손해는 세율이 아니라 신고 한 건이 빠진 데서 생겼습니다.
자주 묻는 질문
저희 회사도 공장이 있긴 한데 기계도 많습니다. 해당되나요?
회사 재산에서 땅과 건물이 50% 이상인지를 봅니다. 기계와 재고, 받을 돈까지 모두 놓고 비교해야 알 수 있습니다.
자식에게 물려주는 경우도 마찬가지인가요?
그때는 상속세나 증여세를 따지기 때문에 계산 방식이 다릅니다. 이 글은 값을 받고 넘기는 경우의 이야기입니다.
이미 몇 해 전에 넘겼습니다. 지금 뭘 할 수 있나요?
더나은세무회계는 이런 경우 주주명부와 계약서, 등기부를 함께 놓고 신고가 빠진 시점이 있는지부터 확인합니다.
근거 자료
소득세법 제94조 제1항 제4호 다목 / 소득세법 시행령 제158조 제2항
대법원 2024. 7. 11. 선고 2021두46445 판결(파기환송). 원심 서울고등법원 2021. 7. 2. 선고 2020누47962 판결.
기획재정부 「2026년 세제개편안」(2026. 8. 3. 발표) — 제3자 사업승계 과세특례 신설.
※ 세제개편안은 정부가 발표한 안이며, 국회 심의 과정에서 달라질 수 있습니다.
공장이나 상가를 가진 회사의 지분을 넘기려 하시나요? 넘기기 전에 합쳐서 계산해 두면 무엇을 언제 신고할지가 함께 정해집니다.